Wznoszenie kaplicy rozpoczęto 20 lipca 1914Daty z okresu Imperium Rosyjskiego podane w Starym Stylu., w dwudziestą rocznicę budowy mostu kolejowego przez rzekę Ob. Kaplica została zaplanowana w historyzującym stylu rosyjsko-bizantyjskim nawiązującym do architektury Nowogrodu i Pskowa z XIII i XIV wieku. 27 października 1915 została oddana do użytku, a 6 grudnia konsekrował ją biskup tomski i ałtajski (pod którego jurysdykcję kościelną podlegał Nowonikołajewsk) Anatol, który przekazał świątyni relikwie jej patrona św. Mikołaja oraz św. Pantaleona. Kaplica św. Mikołaja zyskała sobie szybko na wielkiej popularności wśród mieszkańców miasta. Pierwotnie podlegała parafii przy Soborze św. Aleksandra Newskiego, jednak już w 1919 zyskała sobie ona status samodzielnej placówki duszpasterskiej.
mały|lewo|250px|Na miejscu kaplicy w 1930 władze sowieckie umieściły Pomnik Komsomolca Nastanie władzy sowieckiej zmieniło sytuację kaplicy. Doświadczyła ona m.in. bolszewickiej akcji otwierania relikwii oraz w sposób szczególny w 1922 konfiskaty majątku kościelnego. Pod koniec lat dwudziestych kierownictwo partii w Nowosybirsku inspirowało żądania robotników w sprawie przejęcia na własność budynków cerkiewnych i zamknięcia obiektów kultu pod hasłem walki z zabobonem.