Kwalifikacje do Grand Prix w sezonie 2004 zostały przesunięte na niedzielę z powodu tajfunu, który nawiedził okolice toru. Podczas przejazdu ostatnich czterech kierowców w kwalifikacjach w sezonie 2005 nagle pogorszyła się pogoda. W rezultacie czterej najwyżej sklasyfikowani kierowcy startowali z końca stawki. Wyścig wygrał ostatecznie w pięknym stylu Kimi Räikkönen, wyprzedzając na ostatnim okrążeniu Giancarlo Fisichellę.
W 2014 roku miał miejsce pierwszy śmiertelny wypadek od 20 lat. Jules Bianchi wpadł w poślizg na mokrej nawierzchni i uderzył w dźwig ściągający rozbite auto Adriana Sutila. W wyniku kraksy Francuz doznał poważnych uszkodzeń mózgu i zapadł w śpiączkę. Zmarł 17 lipca 2015 roku.
W 2020 roku z powodu pandemii COVID-19 oraz braku zgody na organizację imprezy bez kibiców wyścig został odwołany.
Tory Pierwsze dwa Grand Prix Japonii odbyły się na torze Fuji. Po dziesięciu latach przerwy i powrocie do Formuły 1, Grand Prix odbywało się dwadzieścia lat na torze Suzuka.