Do czasu powołania IH w r. 1930 księgozbiór powiększył się do liczby 6865 woluminów, a przed wybuchem II wojny światowej wzrósł jeszcze niemal dwukrotnie, do ok. 12 tysięcy tomów. Jednakże pożoga wojenna pochłonęła połowę tego zasobu. Jego powojenną rekonstrukcję umożliwiło zakupienie szczęśliwie ocalałej biblioteki twórcy IH prof. Marcelego Handelsmana oraz przejęcie części księgozbioru prof. Oskara Haleckiego. W 1950 r. Naczelna Dyrekcja Muzeów i Ochrony Zabytków przekazała Bibliotece zbiór fotokopii dokumentów. W rok później obudowywany księgozbiór liczył już 40 tys. pozycji.
W trudnych latach izolacji Polski od świata Zachodu wiele wydawnictw książkowych i czasopism trafiło do zbiorów BIH jako dary zaprzyjaźnionych uczonych i instytucji zagranicznych. W latach 90. XX w. wiele cennych pozycji przekazanych zostało BIH przez Instytut Historyczny im. gen. Władysława Sikorskiego w Londynie. Biblioteka wzbogaciła się też o księgozbiór prof. Izy Bieżuńskiej-Małowist, a także część księgozbioru prof. Aleksandra Gieysztora.