Większość implementacji drzew skrótów jest binarnych (dwa węzły potomne pod każdym węzłem), ale mogą równie dobrze korzystać z wielu węzłów potomnych pod każdym węzłem.
Zwykle kryptograficzna funkcja skrótu taka jak SHA-1, Whirlpool czy Tiger jest stosowana do haszowania. Jeśli drzewo skrótów służy tylko do ochrony przed przypadkowym uszkodzeniem, zamiast niego mogą być użyte mniej bezpieczne sumy kontrolne takie jak CRC.
Na szczycie drzewa skrótów znajduje się korzeń (). Przed pobraniem pliku w sieci p2p, w większości przypadków korzeń uzyskuje się z zaufanego źródła lub ze strony internetowej, która jest znana z dobrych rekomendacji plików do pobrania. Kiedy korzeń jest dostępny, drzewo skrótów można pobrać z dowolnego niezaufanego źródła, jak użytkownik w sieci p2p. Potem otrzymane drzewo skrótów jest ponownie sprawdzane i jeśli jest uszkodzone lub fałszywe, inne drzewo z innego źródła będzie wypróbowane, dopóki program nie znajdzie tego, gdzie zgadza się korzeń. Główną różnicą od listy skrótów jest to, że pojedyncza gałąź drzewa skrótów może być pobrana osobno i integralność każdej gałęzi można sprawdzić od razu, nawet jeśli całe drzewo nie jest jeszcze dostępne.