Pierwsze wyroki śmierci wykonywane były już w 1939 roku, zanim utworzono Armię Krajową. Osoby uznane za zdrajców i konfidentów były likwidowane przez żołnierzy Służby Zwycięstwu Polski oraz Związku Walki Zbrojnej na podstawie wniosków komendantów okręgów. W 1940 roku w ramach ZWZ utworzono przy Komendzie Głównej służbę kontrwywiadu, która wówczas będąc w fazie organizacyjnej, korzystała w dalszym ciągu ze wsparcia żołnierzy okręgów tej organizacji. Wiosną 1941 roku kontrwywiad zreorganizowano i przekształcono w osobny pion w ramach Oddziału II Informacyjno-Wywiadowczego KG ZWZOddziałem II KG ZWZ kierował wówczas podpułkownik Wacław Berka ps. „Brodowicz”. Na czele kontrwywiadu ZWZ stał natomiast Bernard Krawiec Zakrzewski ps „Oskar”.. W ramach tego pionu powołano dziewięć referatów, zajmujących się różnymi aspektami służby kontrwywiadowczej: monitorowaniem aktywności obcych wywiadów działających w okupowanej Polsce, działalnością komunistów itp.