Wyszynski wyjechał na Łotwę, aby nadzorować zmianę rządu.
W latach 1939–1944 wiceprzewodniczący Rady Komisarzy Ludowych, a jednocześnie od 1940 wicekomisarz spraw zagranicznych.
W 1945, realizując politykę ZSRR, wystosował ultimatum do rządu rumuńskiego, pod którego naciskiem król Michał zmuszony został do zdymisjonowania rządu Rădescu i uznania Frontu Narodowo-Demokratycznego, pod kierownictwem Grozy, w którym komuniści otrzymali trzy teki, w tym ministerstwo spraw wewnętrznych. W latach 1949–1953 minister spraw zagranicznych. Po śmierci Stalina ministrem spraw zagranicznych ZSRR ponownie został Mołotow, a Wyszynski objął stanowisko szefa delegacji ZSRR przy ONZ, na którym pozostał do śmierci; również od 1949 reprezentował ZSRR w Radzie Ministrów Spraw Zagranicznych, jednak nie miał uprawnień do odstępowania od otrzymanych instrukcji bez uprzedniego skonsultowania się ze Stalinem.