3 kwietnia 1440 roku Tolkmicko przystąpiło do Związku Pruskiego. Czternaście lat później burmistrz miasta złożył przysięgę wierności królowi polskiemu a mieszczanie zburzyli znajdujący się w mieście zamek krzyżacki. Po zakończeniu wojny trzynastoletniej w 1466 roku Tolkmicko znalazło się w granicach I Rzeczypospolitej i stanowiło część Prus Królewskich w województwie malborskim do 1772 roku. W tym okresie miasto miało status miasta powiatowego. mały|lewo|Tolkmicko w 1750 roku Podczas wojny polsko-szwedzkiej, w dniach 11–12 czerwca 1626 roku, w Tolkmicku zatrzymał się król szwedzki Gustaw II Adolf. W XVII wieku nawiedziły miasto dwa wielkie pożary, które strawiły jego zabudowania (w 1634 i 1694 r.). W roku 1710 z powodu epidemii dżumy zmarła połowa mieszkańców Tolkmicka. W 1720 roku otwarto browar, funkcjonujący do 1851 r. Kolejny wielki pożar wybuchł 29 lipca 1767 roku, strawił dom piwny, budynek ratusza oraz kościół, które zostały w późniejszym czasie odbudowane.