Sobór obecnie Na fali przemian w Związku Radzieckim rozpoczęły się starania o zwrot soboru prawowitym właścicielom i wznowienia nabożeństw. By wywrzeć presję na władzach, grupa wiernych podjęła dwudziestodwudniowy strajk głodowy. Ostatecznie 25 lipca 1991 władze obwodu swierdłowskiego zdecydowały o przekazaniu budynku dawnego soboru Kościołowi Prawosławnemu. W 1994 został reaktywowany monaster Nowo-Tichwiński. Tego samego roku z soboru św. Jana Chrzciciela w uroczystej procesji przeniesiono do świątyni wariant Tichwińskiej Ikony Matki Bożej.
mały|240px|Zabudowania soboru w marcu 2011 Formalna decyzja władz o zwrocie budynku nie oznaczała jednak rozwiązania problemów. Tylko parter budynku nadawał się do odprawiania nabożeństw. Pozostałe cztery piętra były nadal zajmowane przez magazyny jednego z regionalnych muzeów. W 1993 udało się odzyskać część terenów, które należały do wojska. Dopiero w 2005 Rosyjski Kościół Prawosławny przejął cały budynek na własność. Jego stan nie nadawał się do regularnego kultu. Czasy sowieckie ogołociły go ze wszystkich dawnych sprzętów liturgicznych oraz dekoracji, a wnętrza w niczym nie przypominały świątyni. Mimo to sobór św. Aleksandra Newskiego był jedną z najaktywniejszych świątyń w Jekaterynburgu. Co niedzielę odwiedzało go od 500 do 700 wiernych, a w większe święta około 2 tysięcy.