Odznaczenia Krzyż Komandorski z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski Warszawski Krzyż Powstańczy Krzyż Wielki Orderu Zasługi Republiki Federalnej Niemiec (1988) – odznaczony przez prezydenta RFN Richarda von Weizsäckera za zasługi w propagowaniu idei pojednania narodów polskiego i niemieckiego
Nagrody Nagroda „Problemów” (1984) – za wieloletnią popularyzację humanistycznych problemów współczesnej medycyny i krzewienie etyki lekarskiej
Upamiętnienie thumb|240px|Tablica na budynku na Osiedlu Strusia 14 w Krakowie przy ulicy noszącej imię Józefa Bogusza, upamiętniająca lekarza, ufundowana przez Towarzystwo Lekarskie Krakowskie z okazji 115. rocznicy urodzin Z okazji 100-lecia urodzin Józefa Bogusza 17 marca 2007 zorganizowano w UJ uroczystą sesję naukową. Organizatorami były: Towarzystwo Lekarskie Krakowskie, Towarzystwo Chirurgów Polskich – oddział w Krakowie, Komisja Nauk Medycznych PAN – oddział w Krakowie, Katedra Psychiatrii CM UJ, Towarzystwo Opieki nad Oświęcimiem. Wygłoszono liczne referaty na temat dorobku i myśli Profesora. Wręczono pamiątkowe medale, wybite z okazji 100-lecia. W sesji – poza przedstawicielami krajowej chirurgii – uczestniczyła konsul generalny Federalnej Republiki Niemiec, dr Marlen Klingler (z referatem nt.