Od 7 stycznia 2024 do 13 kwietnia 2024 pełnił funkcję trenera tureckiego klubu Beşiktaş JK. Od 12 czerwca 2024 roku selekcjoner reprezentacji Azerbejdżanu, z której został zwolniony 8 września 2025 roku (za porozumieniem stron) po bardzo słabych wynikach. W 11 meczach zdołał zremisować 2 i przegrać 9 z czego najdotkliwiej z reprezentacją Islandii aż 5:0 (podczas meczu inaugurującego w eliminacjach do mistrzostw świata 2026). Podczas jego kadencji zespół stracił aż 29 bramek strzelając zaledwie 4.
Młodość i wykształcenie Wychował się w Lizbonie. Jego rodzice to Maria de Lurdes Fernandes Santos i Francisco Santos. Ojciec Fernando był sprzedawcą akcesoriów samochodowych, miał także przemysł samochodowy, dlatego chciał, by jego syn został inżynierem. Początkowo jego ojciec stawał na drodze do jego piłkarskiej kariery. Dopiero, gdy Fernando dostał się do Benfici, ojciec zgodził się na jego występy w tym klubie, pod warunkiem, że nie obleje on szkolnych egzaminów.
W 1977 ukończył studia inżynierskie na kierunku technologia elektryczna i telekomunikacyjna na Instituto Superior de Engenharia de Lisboa. Następnie przez 18 lat pracował jako dyrektor w hotelach w Portugalii.