PAOK FC Santos powrócił do Grecji i jej najwyższej klasy rozgrywkowej na początku września 2007 roku, wiążąc się trzyletnim kontraktem z PAOK FC. W nim połączył siły z dyrektorem piłkarskim i byłym reprezentantem Teodorosem Zagorakisem, zajmując z drużyną drugie miejsce w sezonie 2009/2010. 19 maja 2010 roku Santos ogłosił na konferencji prasowej swoją decyzję o opuszczeniu drużyny z Salonik.
Reprezentacja Grecji 1 lipca 2010 roku został selekcjonerem reprezentacji Grecji, podpisując dwuletni kontrakt z piłkarską federacją tego kraju. Z grecką drużyną awansował na Mistrzostwa Europy 2012, na których wyszedł z grupy, odpadając w ćwierćfinale po przegranym 2:4 meczu przeciwko Niemcom, oraz na Mistrzostwa Świata 2014, które dla reprezentacji Grecji zakończyły się na meczu 1/8 finału, przegranym po rzutach karnych 3:5 z Kostaryką (w regulaminowym czasie było 1:1). 30 czerwca 2014 roku, dzień po meczu z Kostaryką, kontrakt Santosa z grecką federacją piłkarską wygasł.