Po wojnie próbował kontynuować pracę w firmie jako prywatny przedsiębiorca, jednak fabrykę upaństwowiono, a Wyganowskiemu początkowo powierzono funkcję dyrektora, jednak wkrótce (w 1947 roku) został aresztowany i więziony przez władze PRL-u w więzieniu w Michalinie pod Włocławkiem. Spędził w więzieniu 2 lata. Zachorował tam na gruźlicę, która później stała się bezpośrednią przyczyną jego śmierci.

Po wyjściu z więzienia przeniósł się do Józefowa. W latach 50. pracował w Centrali Nasiennej i w firmie „Buczyński” na stanowisku kierownika działu rolnego.

Życie prywatne Pochodził z rodziny szlacheckiej herbu Łodzia ze Zbylczyc. Był 4. dzieckiem Stanisława (1865–1900) i Anny z Orzechowskich (1868–1953). Ożenił się z Marią Karnkowską (1894–1970), która wniosła w wianie folwark Ligota, później sprzedany. Odziedziczył folwark Pokrzywnica, w którym mieszkał i pracował do wybuchu II wojny światowej.