Mimo prawicowej i proamerykańskiej polityki nie cieszył się popularnością w armii Gwatemali, gdyż dążył do uniezależnienia się od niej. Zamach stanu przeciwko niemu w 1960 dowodzony przez Rafaela Pereirę zakończył się niepowodzeniem, ale zapoczątkował on ogólnokrajową działalność partyzancką ugrupowań antyrządowych która przerodziła się w wojnę domową. W 1962 wystąpiła przeciwko niemu wielka demonstracja mieszkańców stolicy złożona głównie z gwatemalskiej inteligencji i klasy robotniczej, jednak przy wsparciu CIA doprowadził do zdławienia wieców. Następne przewroty również były tłumione aż do ostatniego w 1963, kiedy to Enrique Peralta, minister obrony w jego rządzie, obalił Ydigorasa i deportował go do Nikaragui. Jako oficjalną przyczynę usunięcia prezydenta Peralta ogłosił komunistyczne sympatie generała. W rzeczywistości powodem zamachu był fakt, że generał zezwolił na Juanowi Jose Arevalo na powrót z emigracji i ubieganie się o urząd prezydenta w wyborach w 1963.