W 1990 był kandydatem SPD na kanclerza. 25 kwietnia tegoż roku podczas spotkania przedwyborczego w Kolonii został ciężko zraniony nożem w tętnicę przez chorą psychicznie kobietę. SPD przegrała wówczas wybory, a Oskar Lafontaine odmówił objęcia mandatu poselskiego. Do Bundestagu został ponownie wybrany w 1994 (w tym samym roku złożył jednak mandat, pozostając na czele władz Saary) i w 1998. W 1995 zastąpił Rudolfa Scharpinga na czele federalnych struktur Socjaldemokratycznej Partii Niemiec.
W październiku 1998 objął urząd ministra finansów w pierwszym rządzie Gerharda Schrödera. Ustąpił z tej funkcji w marcu 1999, krytykując politykę gabinetu i kanclerza. Zrezygnował też wówczas z zasiadania w parlamencie i ze stanowisk partyjnych.
W 2005 ostatecznie wystąpił z SPD, dołączył następnie do lewicowego ugrupowania Alternatywa Wyborcza – Praca i Sprawiedliwość Społeczna (WASG). W tym samym roku z jej ramienia (w ramach koalicji z postkomunistami z Die Linkspartei.PDS) został ponownie wybrany do Bundestagu. Mandat poselski odnowił w 2009 i wykonywał do 2010. Obie partie stworzyły w 2007 nową niemiecką lewicową partię Die Linke, Oskar Lafontaine i Lothar Bisky od czerwca 2007 do maja 2010 pełnili funkcję jej współprzewodniczących. W 2009 powrócił do landtagu Saary, reelekcję uzyskując w 2012 i 2017.