Kontrowersje nazwa kraju wywołuje czasem na Morawach, ze względu na pewne poczucie odrębności etnicznej części MorawianMorava se bouří: Proč říkáte této zemi Čechy? | Domov | Lidovky.cz., i wcześniejsze próby ustanowienia nazwy kraju jako Republiki Czeskomorawskiej.
Współcześni językoznawcy łączą nazwę Czechy z rdzeniem čel-, w którym miało dojść do ekspresyjnej zamiany l w chь. Rdzeń ten występuje również w wielu innych słowach, np. čeleď (czeladź) i člověk (człowiek). Liczne przykłady w językach słowiańskich pozwalają przypuszczać, że nazwa utworzona z rdzenia čel- i hipokorystycznego morfemu -chь miała pierwotnie oznaczać „członka rodu, ziomka” lub nawet „człowieka”. Nazwą tą posługiwało się jedno lub więcej plemion słowiańskich zamieszkujących w okresie średniowiecza Kotlinę Czeską.
Łacińska nazwa Czech – Bohemia (Boiohaemum), pochodzi od nazwy celtyckiego plemienia Bojów, którzy zamieszkiwali Kotlinę Czeską w okresie starożytnym. Od nazwy łacińskiej pochodzi także niemiecka nazwa kraju Böhmen i francuska Bohême.