Później przeprowadzono dwa kolejne loty załogowe (w latach 2005, 2008), na których zakończył się pierwszy, wstępny etap chińskiego programu załogowego mający na celu wykazanie umiejętności Chin do bezpiecznych lotów załogowych oraz przeprowadzania podstawowych manewrów na orbicie, jak m.in. wyjście w otwarty kosmos. Drugi, rozpoczęty wówczas etap, oparty nadal na statkach Shenzhou oraz modułach Tiangong, miał na celu opanowanie bardziej złożonych manewrów orbitalnych, zbliżania dwóch statków oraz cumowania.
Program Tiangong
W kosmos wysłano dwa (w pierwotnych planach były trzy) moduły Tiangong, zwane laboratoriami. Ich zadaniem było testowanie wszystkich technologii niezbędnych do budowy stacji kosmicznej, a więc zbliżania na orbicie, cumowania, systemu podtrzymywania życia itd. W 2011 roku na orbicie znalazł się Tiangong 1, do którego w listopadzie tego samego roku automatycznie zacumował bezzałogowy statek Shenzhou 8. W czerwcu 2012 na pokładzie modułu przez 10 dni przebywało troje tajkonautów z załogi Shenzhou 9. Kolejny lot (Shenzhou 10) odbył się w czerwcu 2013 roku, pobyt załogi na stacji również trwał około 10 dni.