Drugim pod względem ważności było Muzeum Czartoryskich, które w 1951 roku stało się oddziałem Muzeum Narodowego. Siedem lat później rozpoczęto budowę Biblioteki Czartoryskich. W roku 1984, po dziesięciu latach konserwacji, podczas Dni Krakowa nastąpiło otwarcie budynku.

Samodzielność uzyskało również Muzeum Historyczne Miasta Krakowa (do tej pory istniało jako oddział Archiwum Akt Dawnych). Siedzibą muzeum stał się pałac Pod Krzysztofory. W 1969 roku urządzono i oddano dla publiczności Regionalne Muzeum Młodej Polski „Rydlówka”.

W odnowionym średniowiecznym budynku Collegium Maius powstało Muzeum Uniwersytetu Jagiellońskiego. Twórcą muzeum był Karol Estreicher. Estreicher usunął z dziedzińca pomnik Mikołaja Kopernika, co spotkało się z licznymi głosami sprzeciwu. W jego miejsce kazał umieścić studnię. Sprowadził do muzeum liczne kontrowersyjne eksponaty jak np.: cukierki spożywane podczas obiadów czwartkowych, niedopałki cygar przez Mickiewicza na Wezuwiuszu. Muzeum otwarto na sześćsetlecie założenia Akademii Krakowskiej.

Ekspozycje organizowane były najczęściej w gmachu Towarzystwa Przyjaciół Sztuk Pięknych, którego prezesem był przez 26 lat Karol Estreicher.