thumb|Partyzanci FARC w 1999 roku thumb|Żołnierz kolumbijskiej piechoty morskiej patroluje rzeczny szlak narkotykowy w 2009 roku W 1985 roku FARC współtworzył lewicową partię Unia Patriotyczna. W wyborach z 1986 roku członkowie partii zdobyli 350 miejsc w samorządach, 9 w niższej izbie parlamentu i 6 w senacie. Sukces partii przyczynił się do rozpoczęcia represji przeciwko jej członkom. W latach 1988–1992 zabitych zostało od czterech do sześciu tysięcy członków i zwolenników partii, w tym dwóch kandydatów na urząd prezydenta. Za zabójstwami stali przedstawiciele rządu oraz członkowie służb paramilitarnych i gangów narkotykowych. Represje uniemożliwiły rozwój partii a wielu jej członków opuściło Kolumbię.

Proces pokojowy załamał się a FARC powrócił do wcześniej stosowanych metod. U progu XXI wieku ugrupowanie zwiększyło zaangażowanie w handel narkotykami. Rosła także liczba porwań dla okupu. W 1999 roku w Kolumbii odbyły się obywatelskie protesty przeciwko toczącej się wojnie i działalności FARC. W tym samym czasie rozpoczęły się kolejne rozmowy pokojowe między FARC a rządem. W 2002 roku rozmowy pokojowe zakończyły się bez rezultatów.