W tym samym czasie podjął się także sprawowania funkcji profesora latynistyki w Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu. Sześć lat później Skimina uzyskał stopień profesora nadzwyczajnego UJ, a w 1956 r. został nominowany na profesora zwyczajnego. Z dniem 1 października 1960 roku przeszedł na emeryturę.
Skiminie pracę naukową przerwał wybuch II wojny światowej. 6 listopada 1939 został aresztowany w ramach Sonderaktion Krakau i trafił do obozu w SachsenhausenWanda Baczkowska Stanisław Skimina, (w: Wyrok na Uniwersytet Jagielloński red. L. Hajdukiewicz, 1989) str. 221-222. Z tamtego okresu pochodzą jego wspomnienia. 8 lutego 1940 zwolniony z obozu wrócił do Krakowa wraz z grupą innych starszych profesorów, zaangażował się w tworzenie zakonspirowanego polskiego szkolnictwa, m.in. organizując tajne matury. Stanisław Skimina zajmował się także problematyką twórczości polskich poetów nowołacińskich i pracą edytorską, a także tłumaczeniem. Był wydawcą krytycznego opracowania polsko-łacińskiego wydania dzieł M.K. Sarbiewskiego: „O poezji doskonałej” (1954) i Wykładów poetyki (1958). W latach późniejszych współpracował również z Polskim Słownikiem Biograficznym, dla którego opracował wiele haseł.