w bitwie na wzgórzu Gilboa Filistyni zabili izraelskiego króla Saula i trzech jego synów. Biblia opisuje, że na murach Bet Sze’an zawieszono wówczas ciało zabitego króla. Fragmenty murów obronnych miasta z tego okresu zostały odnalezione. Miasto zostało zdobyte przez Izraelitów dopiero za czasów podbojów króla Dawida i włączone w granice jego królestwa. W okresie panowania jego syna, króla Salomona, Bet Sze’an było ważnym ośrodkiem lokalnej administracji. Asyryjski podbój północnego Izraela dokonany przez Tiglat-Pilesera III doprowadził do spalenia w 732 roku p.n.e. miasta Bet Sze’an. Po tym zniszczeniu miasto przez bardzo długi czas nie było odbudowywane.
Okres hellenistyczny przyniósł odbudowę miasta, któremu zmieniono nazwę na Scytopolis (gr. Σκυθόπολις). Prawdopodobnie nazwa została zaczerpnięta od scytyjskich najemników, którzy po zakończeniu służby wojskowej osiedlili się tutaj jako weterani. Według mitologii greckiej założycielami miasta był Dionizos i opiekunka jego dzieci, Nysa, która została właśnie tam pochowana. Stąd miasta było powszechnie znane jako Nysa-Scytopolis. Niewiele wiadomo o wczesnej historii tego miasta, poza faktem, że w III wieku p.n.e. na tutejszym wzgórzu wybudowano dużą świątynię. Nie wiadomo komu była ona poświęcona, ale użytkowano ją jeszcze w czasach rzymskich. W latach 301-198 p.n.e.