Zimna wojna thumb|Fregata NRP „Comandante Roberto Ivens” w 1989 W 1949 roku Portugalia stała się członkiem założycielem NATO, a od 1951 roku wydzierżawiła USA bazy na Azorach. Znaczna rozbudowa floty nastąpiła z pomocą sojuszników pod koniec lat 50, kiedy otrzymano dwa amerykańskie niszczyciele eskortowe typu John C. Butler (w służbie 1957–68) i cztery brytyjskie fregaty przeciwlotnicze typu (1959–71); wszystkie wojennej budowy. NATO sfinansowało ponadto zbudowaną we Włoszech fregatę „Pêro Escobar” (1957–75), jako pierwszy większy okręt nowej budowy po wojnie; brzmienie nazwy według . W drugiej połowie lat 60. ostatnie przedwojenne niszczyciele zostały zastąpione przez trzy sfinansowane przez USA w ramach programu pomocy MDAP, zbudowane w Portugalii fregaty ZOP typu Almirante Pereira da Silva (zmodyfikowane amerykańskie niszczyciele eskortowe typu Dealey, w służbie 1966-89), oraz cztery większe zbudowane we Francji fregaty typu João Belo (odmiana projektu Commandant Rivière), które stanowiły trzon floty w okresie zimnej wojny. Stare okręty podwodne z czasów II wojny światowej zastąpiono w drugiej połowie lat 60. przez cztery zakupione we Francji okręty typu Daphne. Zbudowano też w latach 60.