W latach 80. marynarka nie nabyła już żadnych większych okrętów, a plany budowy trzech fregat holenderskiego typu Kortenaer zostały zarzucone. Na początku lat 90. weszły jednak do służby trzy nowe fregaty rakietowe typu Vasco da Gama (niemiecki typ MEKO 200), w 60% sfinansowane przez NATO, będące pierwszymi okrętami Portugalii o uzbrojeniu rakietowym i większych możliwościach bojowych, a także pierwszymi na których bazowały śmigłowce pokładowe.
XXI wiek Portugalia przystąpiła do dalszej modernizacji marynarki dopiero w pierwszej dekadzie XXI wieku. W latach 2009–10 nabyła dwie kilkunastoletnie holenderskie fregaty rakietowe typu Karel Doorman. W 2010 roku wcielono też dwa nowoczesne zbudowane w Niemczech okręty podwodne typu Tridente. Następnie, z większych jednostek, do 2013 roku w skład marynarki weszły dwa duże oceaniczne okręty patrolowe typu Viana do Castelo.