Zaraz po zakończeniu kariery Del Muro objął funkcję szkoleniowca Deportivo Toluca, którą prowadził przez następne kilka miesięcy bez większych sukcesów. W 1973 roku był trenerem CF Pachuca, natomiast w latach 1974–1975 Club Jalisco. W 1978 roku wszedł w skład sztabu szkoleniowego selekcjonera José Antonio Roki na Mistrzostwach Świata w Argentynie. W późniejszym czasie zaangażował się w rozwój piłki juniorskiej, początkowo jako trener amatorskiej kadry młodzieżowej i reprezentacji drugiej ligi meksykańskiej. Podczas pracy w reprezentacji Meksyku U-20 wziął udział w młodzieżowych mistrzostwach świata 1985, gdzie jego drużyna zdołała dotrzeć do ćwierćfinału. W 1987 roku, jako selekcjoner kadry Meksyku U-17, poprowadził ją na mistrzostwach świata w Kanadzie, jednak jego piłkarze nie wyszli z grupy. W 1997 roku przez krótki czas był szkoleniowcem Cruz Azul, notując cztery zwycięstwa, trzy remisy i porażkę w ośmiu spotkaniach ligowychJesús del Muro - Dt - Cruz Azul. Dwa lata później ponownie poprowadził reprezentację Meksyku U-20 na światowym czempionacie – podczas mistrzostw świata w Nigerii jego drużyna, mająca w składzie takich zawodników jak Rafael Márquez czy Gerardo Torrado, odpadła ostatecznie w ćwierćfinale.