Niedługo po otwarciu okazało się, że usytuowanie stacji wewnątrz fortyfikacji uniemożliwiało jej rozwój. W 1870 r. otwarto linię kolejową Szczecin-Gdańsk, kończącą się na nowym, dziś nieistniejącym dworcu pasażerskim Gdańsk Brama Wyżynna. 1 października 1896 dworzec Brama Nizinna zaprzestał obsługi pociągów pasażerskich, które od tamtej pory kierowane były na oddany ostatecznie do użytku w 1900 r. dworzec Gdańsk Główny. Od tego momentu dworzec Gdańsk Brama Nizinna pełnił funkcje jedynie dworca towarowego. Został przebudowany podczas I wojny światowej (według projektu z 1913 roku) na biura odpraw towarowych i celnych (Güter und Zollabfertigungs-Gebäude); czasowo pełnił funkcję szpitala polowego Czerwonego Krzyża. Neogotycki budynek spłonął w marcu 1945 r. Po zakończeniu II wojny światowej dawna stacja kolejowa stała się miejscem przeładunku towarów.
W latach 90. PKP wynajęły budynki stacyjne na działalność komercyjną (np. w 2007 powstał tu hostel „Bursztynek”), zdemontowały tory, a następnie (w 2014) sprzedano teren stacji za ponad 26 mln zł firmie budowlanej Invest KomfortRozbiórka obiektów kolejowych w Gdańsku. Znikają relikty dworca przy Bramie Nizinnej, gdansk.naszemiasto.pl, 2.03.2015 [dostęp 2015-11-21]..