W Warszawie Maliszewski był dyrektorem Państwowego Konserwatorium Muzycznego, przemianowanego na Wyższą Szkołę Muzyczną im. Fryderyka Chopina (1922–1927) oraz prezesem Warszawskiego Towarzystwa Muzycznego (1925–1928)Fryderyk Chopin University of Music. W roku 1927 Maliszewski pełnił funkcję przewodniczącego jury I Konkursu Chopinowskiego.
W latach 1927–1934 pełnił funkcję naczelnika wydziału muzyki w Ministerstwie Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego.
10 listopada 1933 „za zasługi na polu twórczości i pedagogiki muzycznej” został odznaczony przez Prezydenta RP Ignacego Mościckiego Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski
Kompozytor zdobył II nagrodę na Międzynarodowym Konkursie Kompozytorskim im. F. Schuberta w Genewie w 1928 r. za dokończenie Symfonii VIII Franza Schuberta.
U Maliszewskiego pobierali nauki: Witold Lutosławski, Feliks Łabuński, Bolesław Woytowicz, Feliks Rybicki, i inni.
W 1901 ożenił się z Natalią z Makarewiczów (1882–1974). Mieli trzy córki: Helenę, Marię Magdalenę i Walerię. Maria Magdalena Halfter (1907–1984), była śpiewaczką, pedagogiem.
Zmarł w lipcu 1939 w Zalesiu, spoczywa obok żony na cmentarzu parafialnym w Piasecznie.
Dzieła (wybór) Utwory sceniczne Syrena (La Sirene), opera-balet w 4 aktach, op.