Po zakończeniu sezonu powrócił do Fluminense. W barwach Flu zadebiutował 21 stycznia 2012 wygranym 3-0 meczu ligi stanowej Rio de Janeiro z Friburguense Novo Friburgo. Tydzień później w wygranym 3-0 wyjazdowym spotkaniu z Volta Redonda FC Wellington Nem zdobył swoją pierwszą bramkę w barwach Flu. W pierwszym swoim sezonie w lidze stanowej Rio de Janeiro wystąpił w 14 meczach, w których strzelił 3 bramki, pomagając Fluminense po siedmioletniej przerwie wygrać te rozgrywki.
6 czerwca 2013 przeniósł się do ukraińskiego Szachtara Donieck. Podpisał pięcioletni kontrakt, a klub zapłacił za niego 9 milionów euro.
9 listopada 2016 został wypożyczony do São Paulo FCВеллінгтон відправився в оренду в Сан-Паулу ᐉ UA-Футбол. .
19 lipca 2019 został wypożyczony do Fluminense FCШахтар і Флуміненсе домовилися про оренду Нема, гравець завтра вилетить до Бразилії ᐉ UA-Футбол.