.. Z końcem tego roku przebywał w Brześciu Litewskim jako datę pobytu tam podaje 1585. Według w tym roku mógł przebywać we Wrocławiu, gdzie odebrał jakąś niewielką sumę, notowany jako Martinus Chober Magdeburgensis., gdzie wykonywał jakieś drobne praceWypłacono mu za nie 3 floreny, .. Następnie, towarzysząc dworowi królewskiemu, spędził jakiś czas w Krakowie i prawdopodobnie tam zawarł małżeństwo z Dorotą (nieznanego nazwiska).
Po śmierci Batorego przeniósł się z żoną do Wrocławia. Tam urodziła się dwójka ich dzieci: Melchior (7 stycznia 1587) i Estera (12 lutego 1589). W rodzinnym mieście Kober wszedł w spór z cechem dotyczący prawa do wykonywania zawodu. Zdecydował się wówczas na wyjazd do Pragi, by uzyskać protekcję cesarza Rudolfa II. Monarcha 18 kwietnia 1587 roku wystawił dokument zwalniający Kobera z przestrzegania przepisów cechowych. W osobnym liście do wrocławskiej rady miejskiej, poza pochlebną oceną malarza, zawarł nakaz zapewnienia mu bezpieczeństwa. Od tego czasu Kober zaczął posługiwać się tytułem der Römische Kaiserliche Maler, stąd uznawany jest za malarza Rudolfa II dla którego pracował we Wrocławiu., podaje się też, że przebywał na dworze cesarskim do 1589 roku.. Niekiedy określał się też mianem „cesarsko-rzymskiego Majestatu, jak również królewskiego w Polsce portrecisty” (Röm. Kais. Maj. sowohl Königl.