Poza wysoką zapłatą (420 guldenów)., arcyksiążę Ferdynand obdarzył go jednym lub dwoma pozłacanymi pucharami.
„Nadworny portrecista króla polskiego” (jak go określano w Grazu, irer Küniglischen majestat in Pollen contrafeier, względnie des Khünigs in Polln contrafeier) powrócił na dwór Zygmunta III w 1596 roku. Wiadomo, że w Warszawie na zlecenie marszałka wielkiego koronnego Mikołaja Zebrzydowskiego pracował przy malowaniu chorągwi na uroczysty wjazd legata papieskiego, kardynała Enrica Gaetano. Oprócz tego wykonał portrety dzieci króla, Władysława i Anny Marii.
Okoliczności śmierci Kobera nie są znane, podobnie jak dokładna data. Być może zmarł jeszcze w 1597 rokuMoże na to wskazywać pobyt żony w Poznaniu, gdzie zajmowała się sprawami majątkowymi ze szwagrem, ., a na pewno nie żył 9 listopada 1598 roku, na co wskazuje dokumentZawarta w Poznaniu umowa między Dorotą a Wacławem Koberem dotycząca pozostawionej przez Marcina kwoty 1000 złotych i opieki nad córką Esterą, ., w którym jego żona występuje jako wdowa jako datę jego śmierci podawał rok 1600, kiedy to jego brat został serwitorem królewskim.