Przed wywiezieniem skorzystał z zezwolenia na pożegnanie się z rodziną i zbiegł do Krakowa.
W 1897 w Krakowie również został aresztowany za działalność niepodległościową.
Podczas I wojny światowej (będąc już docentem) służył w stopniu kapitana w armii austriackiej i kierował oddziałami otolaryngologicznymi w szpitalach wojskowych w Opawie, Ołomuńcu i Lwowie. Od listopada 1918 służył w Wojsku Polskim i kierował oddziałem chirurgicznym dla postrzałów głowy i szyi w szpitalu wojskowym we Lwowie. Uczestniczył w obronie Lwowa w 1919. Służbę zakończył 30 września 1921 w stopniu pułkownika.
Praca lekarza 240px|thumb|Portret prof. Ludwika Rydygiera z asystentami, namalowany przez Leona Wyczółkowskiego w 1897 roku, wtedy gdy jednym z asystentów profesora był Teofil Zalewski, może jedna z postaci w tle W 1896 rozpoczął pracę w Klinice Chirurgicznej UJ jako asystent prof. Ludwika Rydygiera. W 1897 wraz z profesorem Rydygierem przeniósł się do Kliniki Chirurgicznej Uniwersytetu we Lwowie.
Po studiach w Wiedniu powrócił w końcu 1899 do kliniki chirurgicznej we Lwowie, gdzie zaczął specjalizować się w chirurgii otolaryngologicznej.