Stanisław Józef Thugutt (ur. 12 maja 1862 w Kaliszu, zm. 27 grudnia 1956 w Krakowie) – polski mineralog, rektor Uniwersytetu Warszawskiego.
Życiorys Syn Stanisława Antoniego (1836–1869), właściciela apteki w Warszawie, i Ludwiki z Rydeckich. Był stryjecznym bratem znanego polityka dwudziestolecia międzywojennego, ministra spraw wewnętrznych Stanisława Augusta Thugutta. Ukończył 8-klasowe gimnazjum filologiczne w Warszawie, a następnie zapisał się na wydział matematyczno-przyrodniczy Cesarskiego Uniwersytetu Warszawskiego. Po pierwszym semestrze przeniósł się na Uniwersytet w Dorpacie. W Dorpacie odbył studia chemiczne, uzyskując w roku 1892 stopień magistra chemii na podstawie rozprawy pt. Studia mineralogiczno-chemiczne, a w 1894 doktora chemii za rozprawy O chemicznej budowie niektórych glinokrzemianów. W latach 1893–1894 pracował jako asystent w Zakładzie Mineralogicznym Uniwersytetu Dorpackiego. W roku 1896 kupił majątek ziemski Sieradzice w powiecie pińczowskim i zajął się gospodarką rolną. W 1902 ożenił się z Lucyną Cywińską (1872–1954), córką właścicieli sąsiednich Nagorzan i został sędzią pokoju w Kazimierzy Wielkiej. W 1903 przeniósł się do Warszawy, by organizować prywatną pracownię mineralogiczno-chemiczną. W roku 1908 pracownia weszła w skład utworzonego Towarzystwa Naukowego Warszawskiego.