Od 6 grudnia 1942 ukrywał się w mieszkaniu przy ul. Pańskiej 104, które opuścił kilka dni po wybuchu powstania warszawskiego. 17 sierpnia 1944 wstąpił do Armii Krajowej, do 2. kompanii (I batalionu) zgrupowania „Chrobry II”. 5 września został przeniesiony do kompanii rezerwowej, a później zwolniony ze służby z powodu zachorowania na tyfus. Zginął po kapitulacji powstania pod koniec października 1944. Został zabity przez Niemców, którzy odnaleźli bunkier, w którym się ukrywał (według innego źródła został odkryty w bunkrze przez szabrowników).
Ukrywając się przy ul. Pańskiej, od 7 maja do 19 października 1943 pisał po polsku wspomnienia. Nazwał je „spowiedzią”, kierując je przede wszystkim do żony, której nie zdołał ocalić. Opisał w nich m.in. stosunki między ludnością polską i żydowską w Otwocku, obozy pracy przymusowej dla Żydów znajdujące się pod Warszawą, przykłady pomocy udzielanej Żydom przez Polaków, losy i stan psychiczny Żydów ukrywających się po stronie aryjskiej oraz przypadki szantaży i denuncjacji. Rękopis przekazał swemu znajomemu Władysławowi Błażewskiemu. Po wojnie dokument trafił do jego starszego brata, Pejsacha, który przepisał go na maszynie i przekazał Centralnej Żydowskiej Komisji Historycznej w Łodzi. Wspomnienia Perechodnika zostały wydane po raz pierwszy w Polsce w 1993 przez Ośrodek Karta pt.