14 czerwca 2012, dwa dni przed drugą turą wyborów, Sąd Najwyższy podjął decyzję o unieważnieniu wyborów parlamentarnych i przeprowadzeniu nowego głosowania. Nakazał rozwiązanie zdominowanej przez FJP izby, orzekając, iż prawo wyborcze pozostawało w sprzeczności z konstytucją i pozwalało partiom politycznym ubiegać się o mandaty zarezerwowane dotychczas dla deputowanych niezależnych. Mursi wyraził rozczarowanie wyrokiem sądu, lecz zobowiązał się do jego akceptacji. Jednocześnie jednak wezwał obywateli do udziału w wyborach i ostrzegł przed dyktatem „mniejszości”. 16 czerwca 2012 Najwyższa Rada Sił Zbrojnych w wydanym dekrecie oficjalnie rozwiązała Zgromadzenie Ludowe, co oznaczało, że nowo wybrany prezydent urzędować miał bez zaplecza parlamentarnego oraz bez jasno określonych uprawnień konstytucyjnych, która również nie została wcześniej uchwalona.