Podczas sezonu Clausura 2012 Flores wywalczył trzecie wicemistrzostwo z Municipalem.
W październiku 2012, razem ze swoimi rodakami, Gustavo Cabrerą i Guillermo Ramírezem, został dożywotnio zdyskwalifikowany przez FIFA z powodu ustawienia trzech spotkań międzynarodowych.
Kariera reprezentacyjna W seniorskiej reprezentacji Gwatemali Flores zadebiutował 12 lutego 2007 w zremisowanym 0:0 spotkaniu z Salwadorem w ramach UNCAF Nations Cup, na którym jego kadra odpadła w półfinale, zajmując trzecie miejsce. W tym samym roku znalazł się w powołanym przez selekcjonera Hernána Darío Gómeza składzie na Złoty Puchar CONCACAF, gdzie nie rozegrał ani jednego spotkania, za to jego drużyna zakończyła swój udział w turnieju na ćwierćfinale. Premierowego gola w reprezentacji strzelił 5 września 2010 w wygranym 5:0 meczu towarzyskim z Nikaraguą. Wziął udział w ośmiu pojedynkach wchodzących w skład eliminacji do Mistrzostw Świata 2010, na które jednak Gwatemalczycy nie zdołali się zakwalifikować.