Władze Przewodniczącym KRUP jest rektor wybierany spośród jego członków. Dotychczasowymi jego przewodniczącymi byli: I: 1989–1990 – prof. zw. dr hab. Leszek Wojtczak, rektor Uniwersytetu Łódzkiego w latach 1984–1990 II: 1990–1996 – prof. zw. dr hab. Michał Seweryński, rektor Uniwersytetu Łódzkiego w latach 1990–1996 III: 1996–1999 – prof. zw. dr hab. Włodzimierz Siwiński, rektor Uniwersytetu Warszawskiego w latach 1993–1999 IV: 1999–2002 – prof. zw. dr hab. Stefan Jurga, rektor Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w latach 1996–2002 V: 2002–2005 – prof. zw. dr hab. Marian Harasimiuk, rektor Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej w latach 1993–1999 VI: 2005–2008 – prof. zw. dr hab. Stanisław Lorenc, rektor Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w latach 2002–2008 VII: 2008–2012 – prof. zw. dr hab. Wiesław Banyś, rektor Uniwersytetu Śląskiego w latach 2008–2016 VIII: 2012–2016 – prof. zw. dr hab. Bronisław Marciniak, rektor Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu w latach 2008–2016 IX: 2016–2020 – prof. zw. dr hab. Wojciech Nowak, rektor Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie w latach 2012–2020 X: 2020–2024 – prof. zw. dr hab. Bogumiła Kaniewska, rektorka Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu latach 2020–2024 XI: od 2024 – prof. dr hab.