1 września zestrzelił Junkersa Ju 87, który atakował lotnisko Okęcie. W kolejnych dniach brał udział w walkach powietrznych prowadzonych przez Brygadę Pościgową. po napaści ZSRS na Polskę 17 września przekroczył granicę z Rumunią. Udało mu się uniknąć internowania i z portu w Konstancy odpłynął na pokładzie greckiego statku „Patris”. Przez Bejrut dotarł 29 października 1939 do Francji. Został skierowany na Lotnisko Lyon Bron, gdzie przeszedł przeszkolenie na sprzęcie francuskim. Został przydzielony do klucza dowodzonego przez Wieńczysława Barańskiego. Latał na Caudron CR.714, Morane-Saulnier MS.406 oraz Dewoitine D.520. Walczył w składzie GC III/6. Po upadku Francji przeleciał Dewoitinem D.520 do Algieru. 17 lipca 1940 dotarł do Wielkiej Brytanii. Wstąpił do Polskich Sił Powietrznych, otrzymał numer służbowy RAF P-1903. W październiku odbył dwutygodniowe szkolenie w 15 Elementary Flying Training School (EFTS), następnie został przydzielony jako pilot do 10 Bomber and Gunner School (BBS). W marcu 1941 odbył przeszkolenie myśliwskie w 55 Operational Training Unit (OTU). thumb|left|Personel dywizjonu 315. Michał Cwynar drugi od prawej 15 kwietnia 1941 r. przydzielony do 315 „Dęblińskiego” dywizjonu myśliwskiego. 14 sierpnia 1941 zestrzelił Bf 109, kolejnego 16 września 1941.