Latem 2007 Thompson został w kontrowersyjnych okolicznościach zawodnikiem największego rywala Comunicaciones, CSD Municipal. Spędził tam rok, zdobywając mistrzostwo Gwatemali w sezonie Clausura 2008, jednak nie został zaakceptowany przez kibiców Municipalu i zdecydował się wyjechać za granicę. Podpisał umowę z meksykańskim drugoligowcem Albinegros de Orizaba; w Liga de Ascenso zadebiutował 7 lutego 2009 w wygranym 2:1 spotkaniu z Lobos BUAP. W ciągu następnych kilku miesięcy był podstawowym piłkarzem Albinegros, jednak nie zdołał awansować do wyższej klasy rozgrywkowej.
W lipcu 2009 Thompson zdecydował się powrócić do Comunicaciones, gdzie ponownie został kluczowym graczem i w rozgrywkach Apertura 2009 wywalczył siódme wicemistrzostwo Gwatemali w karierze. W sezonach Apertura 2010 i Clausura 2011 odniósł odpowiednio czwarty i piąty triumf w lidze gwatemalskiej, za to podczas Apertura 2011 po raz kolejny został wicemistrzem kraju.