Odniósł w nich zwycięstwo i rządził przez dwie kadencje, zapoczątkowując trwający przez ponad 40 lat okres autorytaryzmu wojskowego w historii Salwadoru.
Powstanie w 1932
Po objęciu urzędu prezydenta w dniu 4 grudnia 1931 Hernandez musiał już w styczniu następnego roku zmierzyć się z powstaniem chłopów zachodniosalwadorskich, Indian pochodzących przeważnie z plemienia Pipil oraz członków Komunistycznej Partii Salwadoru (PCS). Hernandez już wcześniej znał plany tego zrywu, toteż aresztował bez problemu przywódców PCS, w tym Farabundo Martiego, po czym krwawo stłumił całą rebelię, doprowadzając do śmierci ludzi w liczbie od 10 000 do 30 000El Periódico Nuevo Enfoque, Feliciano Ama., po czym przystąpił do eliminacji przywódców ich wodzów: 1 lutego 1932 rozstrzelał Farabundo Martiego i pozostałych liderów PCS, to samo spotkało Feliciano Amę – wodza plemienia Izalco – oraz Francisco Sáncheza – chłopskiego dowódcę z departamentu Sonsonate. Brutalne stłumienie buntu przez Hernandeza, któremu pomogła oligarchia ziemska, wynikało z pragnienia prowadzenia przezeń proamerykańskiej polityki, z którą wiązała się realizacja działań przeciwko wszelkim ruchom lewicowym.