W polityce zagranicznej realizował politykę pogłębienia stosunków dyplomatycznych z państwami faszystowskimi.

W gospodarce dążył do zniwelowania konsekwencji kryzysu ekonomicznego rozpoczętego w Salwadorze po spadku światowych cen kawy za czasów prezydenta Arturo Araujo. W tym celu unieważnił długi posiadaczy plantacji i założył Bank Hipoteczny – państwową instytucję finansową, która udzielała plantatorom kredytów, jednak z powodu charakteru swoich rządów jego osoba stała się tak niepopularna, iż w maju 1944 kraj znalazł się w stanie paraliżu z powodu powszechnego strajku siedzącego: pracownicy zjawiali się w miejscach pracy, lecz nie wykonywali żadnej roboty. Zniszczyło to plany Hernandeza odnośnie do przystąpienia do kolejnych wyborów prezydenckich, które to posunięcie wiązałoby się ze złamaniem konstytucji zabraniającej reelekcji. Armia usunęła go z urzędu prezydenta podczas kolejnego zamachu stanu, jednak jego dyktatorska polityka była kontynuowana przez następnych wojskowych prezydentówWorld Statesmen, El Salvador.. Hernandez ustąpił i uciekł do Gwatemali, a następnie wyemigrował do Hondurasu.