W miarę postępów budowy „Wahoo” w Kalifornii, kompletowano też załogę jednostki. Zgodnie z wojennym standardem jednostek typu Gato, załoga „Wahoo” składała się z 80 oficerów i marynarzy. Dowództwo okrętu objął komandor podporucznik (Lieutenant Commander) Marvin Kennedy, dotychczasowy zastępca dowódcy (executive officer) na okręcie podwodnym typu Narwhal, służący wcześniej na krążowniku USS Chicago (CA-29) i niszczycielu USS Hammann (DD-412). W roli zastępcy dowódcy na okręcie zameldował się także przyszły kontradmirał Richard O’Kane, trzecim zaś był George W. Grider. Od samego początku załoga nie ufała do końca kmdr. Kennedy’emuDon Keith: Undersea warrior: the World War II story, s. 86–107.. Było to spowodowane w pewnej mierze faktem, że Kennedy nie czuł się do końca pewnie na okręcie podwodnym, sam też nie ufał swoim podwładnym, w tym – co było niezwykłe na okrętach podwodnych – także swoim zastępcom i innym oficerom. Jak wykazały późniejsze miesiące, brak zaufania do dowódcy nie był bezpodstawny.