Podczas powrotu do bazy zatopił ogniem działa pokładowego sampan o nośności ok. 50-100 ton. 1 września dotarł na Midway. Raport po patrolu odnośnie wadliwych torped, popartych zeznaniem japońskiego jeńca ponownie zostały zignorowane przez dowódcę okrętów podwodnych.
III patrol 23 września USS Greenling wyruszył z Midway na trzeci wojenny patrol na wody w pobliże japońskich wysp macierzystych. 3 października zatopił statek towarowy "Kinkai Maru" (5852 BRT), a następnego dnia “Setsuyo Maru“ (4147 BRT). 14 października trafił trzema torpedami statek "Takusei Maru" (3515 BRT), po którego zatonięciu załoga USS Greenling przeżyła niebezpieczny kontratak okrętów eskorty. Po zgubieniu przeciwników 18 października przechwycił frachtowiec "Hakonesan Maru" (6673 BRT). Jedna z dwóch wystrzelonych torped trafiła i wywołała pożar na statku, natomiast druga z powodu wadliwie działającego żyroskopu zatoczyła koło i nieomal trafiła własny okręt. Kolejna wystrzelona torpeda w kierunku płonącego statku posłała go na dno. Po zniszczeniu sampana na szlaku żeglugowym Tokio-Aleuty 21 października, USS Greenling powrócił do Pearl Harbor 1 listopada.