W Guam zaskoczony i pozbawiony dowództwa Loughin, stwierdził, że admirał Lockwood mimo wszystko wspiera go. Admirał wysłał kilkanaście not do admirała Nimitza i innych osób, w których brał na siebie część winy za katastrofę, gdyż jak stwierdzał, powinien być bardziej precyzyjny w swoim zaszyfrowanym komunikacie z 28 marca do podległych mu jednostek. Admirał Lockwood zaangażował do obrony Loughina adwokata Chestera Brutona – dowódcę okrętu podwodnego USS Greenling (SS-213) – oraz asystenta z Korpusu Marines. Sam nie mógł być obecny podczas obrad sądu wojennego, gdyż został odwołany do Stanów Zjednoczonych na konferencję poświęconą sonarom. Złożył jednak zeznanie pod przysięgą.
Burton wraz ze swoim asystentem, posłużyli się w obronie Loughina wszelkimi argumentami, na jakie mogli wpaść. Podnosili, że Awa Maru zamiast służyć do transportu leków i innych środków niezbędnych jeńcom wojennym, dostarczał w rzeczywistości amunicję i inną kontrabandę, co przekreślało jej prawo do wolnego przejścia. W celu dowiedzenia tego, posłużyli się zeznaniami świadka, uratowanego przez Greenfish Kantora Shimodę, który na Awa Maru był stewardem. Sąd odrzucił jednak tę linię obrony, gdyż stwierdził, że komandor Loughin nie miał możliwości wiedzieć co rzeczywiście przewozi japoński statek, a nawet gdyby wiedział, nie miał prawa samodzielnie znosić droit de passage zagwarantowanego Awa Maru przez Departament Stanu Stanów Zjednoczonych.