Są to: zapewnienie uczniom odpoczynku i możliwości zregenerowania sił fizycznych i psychicznych, co nakłada odpowiednie zróżnicowanie zajęć, które powinny być odmienne od tych, które organizowane są w szkole sprawowanie opieki zarówno wychowawczej, jak i dydaktycznej wzbudzanie i kształtowanie zainteresowań uczniów, a także rozwijanie zainteresowań rozwój kreatywności uczniów rozwijanie uspołecznienia i pracy uczniów w grupach oraz przyuczenie do spełniania określonych ról w społeczeństwie praca indywidualna nad poszczególnymi członkami zespołu, rozwój więzi ze szkołą, nauczycielami i kolegami integracja uczniów.
Organizacja Zielone szkoły są organizowane według zasad rozporządzenia Ministra Edukacji Narodowej z dnia 30 marca 2016 r. w sprawie wypoczynku dzieci i młodzieży. Jeden nauczyciel może opiekować się najwyżej dwudziestoma uczniami. Najważniejszą rolę pełni nauczyciel, odpowiedzialny za przeprowadzenie zajęć zarówno edukacyjnych, jak i innych, np. sportowych. Jest również organizatorem i koordynatorem, odpowiedzialny zarówno za sprawy merytoryczne, jak i logistyczne, takie jak zakwaterowanie i wyżywienie.