Piłka ręczna Protoplasta sekcji - sekcja hazeny - powstała w 1930 roku. Już w tym samym roku hazenistki AZS Warszawa zdobyły Mistrzostwo Polski, zaś grający w hazenę wspólnie koszykarze, piłkarze nożni i lekkoatleci w drużynie męskiej dali możliwość stworzenia w Warszawie prawdziwej sekcji piłki ręcznej. W 1938 roku szczypiorniści zajęli II miejsce w Mistrzostwach Polski, rok później III miejsce.
Po wojnie AZS Warszawa w 1946 roku ponownie zdobywa wicemistrzostwo, mając w swoim składzie zawodników z innych sekcji sportów zespołowych. Po powstaniu ligi AZS wchodzi do niej, jednak bardzo szybko się z niej wycofuje ze względów finansowych.
Mecze międzynarodowe inaugurował w Polsce właśnie zespół AZS Warszawa. W 1934 roku do Warszawy przyjeżdża klub z Rzeszy Niemieckiej Deutschen Studentenschaft, zaś w kolejnych latach Turngemeide Królewiec i ponownie D.S.
Piłka wodna Sekcja powstała około 1923 roku. W Mistrzostwach Polski w 1925 roku drużyna zajęła III miejsce, a w latach 1927-1930 zajęła cztery razy z rzędu II miejsce. Wysoki poziom waterpoliści AZS Warszawa utrzymywali aż do wybuchu wojny.