W 1603 r. weszła w życie ustawa nakazująca każdemu wydawcy książek w granicach Republiki Weneckiej złożenie w Bibliotece św. Marka egzemplarza obowiązkowego każdej książki tłoczonej w posiadłościach weneckich; w ten sposób Libreria św. Marka stała się biblioteką państwową Najjaśniejszej Republiki Weneckiej. Po upadku Wenecji w r. 1797 zbiory zgromadzeń religijnych zniesionych dekretami Napoleona zostały przejęte do zbiorów Biblioteki Marcjańskiej.
W 1811 r. biblioteka została przeniesiona do sąsiedniego Pałacu Dożów (wł. Palazzo Ducale), po czym dopiero w 1924 r. powróciła do swojej historycznej siedziby. Obecnie poza Palazzo della Libreria zajmuje budynki Fabbrica della Zecca w dawnym kompleksie weneckiej mennicy państwowej, projektantem budynku jest Jacopo Sansovino.
Bibliotekarze Marcantonio Sabellico (1436-1506) ? od 1530 r. Pietro Bembo (1470-1547) ? przez 40 lat kustoszem biblioteki był Jacopo Morelli pochodzący z BarbengoJacopo Morelli Bibiotecario alla Marciana.