Na zbiory biblioteki składają (2006):BIBL_TAVOLA2_2006.xls
622 804 tomy książek drukowanych; 2887 inkunabułów; 13 113 rękopisów; 24 069 woluminów druków z XVI w.
Najbardziej wartościowymi egzemplarzami ze zbiorów Biblioteki św. Marka są dwa kodeksy z rękopisami Iliady: Homerus Venetus A oraz Homerus Venetus B.
Godne wspomnienia są także Chronologia magna autorstwa Fra Paolino, manuskrypt z pismami Pliniusza z 1481 r., dawniej własność Giovanniego Pico della Mirandoli, jak również egzemplarz pierwszej książki wydrukowanej w Wenecji - Epistolae ad familiares Cycerona z 1481 r. Biblioteka posiada także 56 tomów dziennika Marina Sanuda Młodszego, stanowiącego jedno z najważniejszych źródeł do historii Wenecji w latach 1496-1533; książnica posiada także kompletny zbiór druków spod prasy Alda Manunzia, tzw. Aldynów. Kolekcja kartograficzna składa się z map i atlasów, zarówno dawnych, jak i współczesnych; do najstarszych zabytków kartografii należy mapa świata Fra Mauro z 1459 r. oraz plan Wenecji Jacopa de’ Barbari z 1500 r.