W przypadku wakatu na stanowisku naczelnika, minister ten miał czasowo przejmować jego funkcje. Minister przemysłu – kontrolujący zasoby produkcyjne Sojuszu. Minister zaopatrzenia – odpowiedzialny za zaopatrzenie Armii i Floty. Minister wojny – odpowiedzialny za siły wojskowe Sojuszu: planowanie ich zadań i strategii. Pod nieobecność Naczelnika, posiedzeniom rządu przewodniczył Sekretarz Gabinetu, który odpowiedzialny był również za korpus służby cywilnej.
Dowództwa Sprzymierzone Terminem dowództwa (lub rządu) sprzymierzonego określane były rządy poszczególnych planet, sektorów lub organizacji wchodzących w skład Sojuszu. Dysponowały one autonomią w sprawach lokalnych, podlegając jednak decyzjom władz centralnych w przypadku materii o szerszym zasięgu. Wewnętrzna struktura takich rządów zazwyczaj przypominała strukturę władz centralnych Sojuszu, chociaż mogła od niej odbiegać na skutek lokalnych uwarunkowań historycznych itp.