W czasie jednego z rejsów podczas komunistycznej agitacji wywiązał się spór z innym członkiem załogi, co zakończyło się postrzeleniem Skorupińskiego w brzuch - raniony ze statku trafił do szpitala.
Powrót do Polski Po wyjściu ze szpitala rozpoczął pracę w Konsulacie Generalnym PRL w Londynie i w połowie września 1946 wrócił do Polski. Po przybyciu do kraju został skierowany do KC PPR i oddelegowany do wojska w stopniu porucznika. Następnie pod koniec grudnia 1946 rozpoczął służbę w wywiadzie wojskowym Oddziale II Sztabu Generalnego, na stanowisku referenta. Po trzech latach służby (tj. w 1949) został awansowany do stopnia kapitana i został kierownikiem Sekcji 1 w Wydziale III (Morskim). W tym samym czasie ożenił się z Krystyną Fryd. Kariera wojskowa Mieczysława Skorupińskiego załamała się wkrótce po usunięciu z wywiadu nieoficjalnego patrona tzw. dąbrowszczaków gen. bryg. Wacława Komara, szefa Oddziału II od grudnia 1949 do 1950. W specjalnej opinii sporządzonej na początku grudnia 1950 dla potrzeb nowego kierownictwa Oddziału II, podpułkownik Adam Kornecki, zastępca szefa Wydziału III, w którym służył Skorupiński, w następujący sposób ocenił swojego podkomendnego: