Po 1918 liczba krzesińskich Niemców (ewangelików) drastycznie spadła - pozostało tu tylko pięć rodzin. W związku z tym zbór stał się ośrodkiem życia dla protestantów z sąsiednich wsi - Chartowa, Kamionek i Borówca. Spotkania w kościele (pod przewodnictwem Heinricha Schpramberga) miały często charakter polityczny. Sam przywódca, wraz z synem, byli członkami V kolumny. Podczas ataku na Polskę w 1939 w kościele ukryto broń. W bezpośrednim sąsiedztwie świątyni okupanci przeprowadzili w nocy z 22 na 23 listopada 1941 tzw. akcję krzesińską - systematycznie bicie, torturowanie i upokarzanie Polaków z Krzesin i okolicy.
Po II wojnie światowej kościół przejęli katolicy, a 1 marca 1958 urządzono tutaj samodzielną parafię (pierwszym proboszczem był Romuald Żurowski, wcześniej teren podlegał pod parafię głuszyńską). Mimo licznych starań o współużytkowanie kościoła z ewangelikami (lub odkupienie świątyni) w okresie międzywojennym starania te zakończyły się niepowodzeniem. Wyposażenie świątyni i dostosowanie jej do wymogów katolickich odbywało się w dużym stopniu społecznie (np. ołtarz przekazał Stanisław Majchrzak - mieszkaniec Krzesin usilnie działający wcześniej na drodze urzędowej w celu przekazania kościoła katolikom). 26 kwietnia 1958 parafię nawiedził arcybiskup Antoni Baraniak.