Pod koniec pierwszej rundy Mistrzostw Ukrainy w piłce nożnej 2001/02, które CSKA zakończył na 9.miejscu, 18 grudnia 2001 Rada Miasta Kijowa zdecydowała o utworzeniu FK „Arsenał” Kijów Sp.z o.o. Jednak jako osoba prawna CSKA pozostał członkiem Wyższej ligi. Dopiero po osobistym spotkaniu burmistrza Ołeksandra Omelczenki z prezydentem CSKA Ołeksandrem Danylczukiem w lutym 2002 Arsenal osiągnął porozumienie, aby zagrać w Wyższej lidze na zasadzie następcy klubu wojskowego. Jednak wojskowy klub nie zniknął, klub CSKA-2 Kijów, który występował w Pierwszej Lidze przyjął nazwę CSKA Kijów i kontynuował tradycje wojskowej drużyny.
Władze Kijowa początkowo radziły sobie z prowadzeniem drużyny, jednak po kilku sezonach klub stał się zbyt dużym obciążeniem dla miasta. W 2007 właścicielem drużyny został biznesmen Wadym Rabinowycz, który w styczniu 2009 sprzedał go synowi mera Kijowa Stepanowi Czernoweckiemu, aby móc startować w wyborach Prezydenta Premier-lihi. Jednak nie udało się zająć stanowiska i w lipcu 2009 z powrotem wykupił klub i został jego właścicielemВадим Рабинович вновь стал владельцем „Арсенала” ᐉ UA-Футбол.. W końcu 2012 roku klub dotknęły problemy finansowe. Wielu piłkarzy otrzymało status wolnego gracza i odeszło do innych klubów, inni zgodzili się na trzykrotne obniżenie wynagrodzenia.