W ministerstwie pozostały trzy wydziały: funduszów, działań wojennych, artylerii i inżynierii.
2 lutego 1813 roku po raz kolejny ewakuowano Ministerium. Akta i urzędnicy wyjechali do Krakowa. W Warszawie pozostała grupa urzędników do opieki nad szpitalami i strzeżenia archiwum generalnego ministerstwa. 4 maja 1813 roku działania Ministerium Wojny ustały zupełnie.
Struktura i obsada personalna Ministerium Wojny
thumb|Siedziba Ministerium W 1807 roku: Dyrektor (Minister) Wojny - gen. Józef Poniatowski Dyrektor generalny wydziałów - płk Kajetan Hebdowski Wydział ekspedycji - płk Jan Bennet Wydział etatowy - płk Cyprian Godebski Wydział rachunkowy - rtm. Riedel W 1810 - 1811 roku: Minister Wojny - gen. Józef Poniatowski Sekretariat Generalny Dyrektor generalny wydziałów - gen. Kajetan Hebdowski Wicedyrektor - Jan Bennet Biuro korespondencji Oddział tajny Oddział wyprawy Biuro policji wojskowej Biuro składu praw i dziejów Wydział I funduszów - kpt.